天空之城

某天晚上，在漆黑的夜空中，有一艘海盜飛船驟然對飛艇發動襲擊，空中海盜朵拉一族的目標不是掠奪財物，而是尋找一名叫希達的少女。

因為希達所持有的護身符擁有神秘力量，因此她被政府特務穆斯卡藉以調查的理由被帶往政府軍總部協助調查，當朵拉一族親宿入飛艇引發混亂後，希達擊昏在請求援兵的穆斯卡拿走護身符後試圖逃走，她為了脫離朵拉一族的追捕不慎從飛行船上墜落地面，希達戴的護身符的神秘力量讓她緩緩地降落在一個以礦業為主的小鎮。技工學徒巴魯發現希達後將她帶回家照顧。巴魯給希達看他已故的父親所拍攝的照片，照片顯示世界上有個名為「拉普達」的天空之城。後來兩人被朵拉一族以及穆斯卡手下的士兵追捕掉進廢棄的礦井中，遇見住在礦井深處的波姆爺爺，波姆表示希達的護身符是飛行石製成的，這是能讓拉普達以及天空之城能飛在天上的材料。 希達與巴魯離開礦井後，她向巴魯表示自己的全名，當他們離開礦井沒多久被政府軍給捉住被關押在碉堡的監獄。穆斯卡向希達展示一具不能動的機器人並表示自己知道希達的全名還指出這是拉普達王室的名字。穆斯卡藉以巴魯來要希達說出找到拉普達的咒語。希達以釋放巴魯做為條件，她要巴魯以不需要他的幫助讓他離開。悲痛的巴魯回到自家發現家已被朵拉一族給佔領。朵拉一族在獲得情報後準備出擊尋找飛行石，而巴魯為了救回希達和他們暫時合作。另一方面，希達唸出祖傳的咒語意外啟動護身符和機器人，機器人將碉堡摧毀沒多久之後被軍方摧毀。巴魯在朵拉一族的幫助下救回希達，兩人在朵拉一族的飛行船「虎蛾號」上工作，虎蛾號跟隨著軍方的飛巨人號前進，穆斯卡藉以希達的護身符以此定位出拉普達的位置並駕駛巨人號朝拉普達而去。當晚希達和巴魯一起執行監視任務，希達提到自己是從小從由她去世的祖母給傳授許多有關拉普達王室所祖傳的古老咒語(也包括毀滅咒語)。

在一連串的風暴後，烏雲終於散去，巴魯認出和他已故的父親的照片上一樣的雲彩並向朵拉表示那便是拉普達。就在虎蛾號準備降落時巨人號突然出現並開火，讓巴魯和希達從飛船上落下來到已經荒廢、雜草叢生的拉普達。在那裏他們抵達最上層為溫室花園，遇到一個跟摧毀碉堡的機器人很像的巨型機器人，巴魯和希達發現那個機器人是為了守護拉普達上方的森林的機器人。他們發現只有拉普達的機器人值守的空中都市、植物和遠古生物的家園的巨型機器人。 與此同時穆斯卡旗下的士兵將朵拉一族給拘捕後就肆意掠奪拉普達的金銀財寶，巴魯和希達發現被囚的朵拉一族決定救出他們，更要阻止軍隊繼續毀掉拉普達，他們決定先救出朵拉一族然後設法拿回護身符，當巴魯試圖爬上朵拉一族被囚的位置時不慎被穆斯卡的手下給發現，希達為了幫巴魯脫離不慎被穆斯卡給挾持進入城市內部，巴魯則是四處躲避軍隊的追捕解救朵拉一族並讓他們逃離拉普達。 穆斯卡帶領希達進入拉普達深層內部中樞，獲得拉普達所藏的知識及武裝設備，穆斯卡向希達透露自己也是拉普達的後裔而且同為王室成員。之後軍隊發現穆斯卡的背叛行跡率領進入拉普達深層內部中樞的接見室，穆斯卡向軍隊揭示拉普達的力量後就將軍隊最下方的接見室中摔落於海中。同時還啟動武裝設備和機器人部隊來摧毀巨人號，希達趁隙脫逃並奪回護身符在穆斯卡的追擊下逃到洞穴中並將護身符從洞口遞給進入拉普達深處的巴魯並哀求他將飛行石扔入海中就逃離。穆斯卡用槍向巴魯射擊告訴他要拿護身符與希達作為交換並追擊希達不放。巴魯立刻用從朵拉那裡拿的槍炮打穿牆面追上希達。

穆斯卡追擊希達抵達拉普達王室的寶座的位置後用槍來要脅她交出飛行石，希達告訴穆斯卡有關拉普達王國早已滅亡就連王族還在苟且偷生的實情，希達解釋她是不會交出飛行石，因為到最後他們早晚會同歸於盡，親眼目睹穆斯卡的行徑後，她終於知道拉普達王國為何會早已滅亡的理由，希達痛斥穆斯卡來獲得驚人的武器只為了實現自己的邪念，甚至不惜利用武裝設備來操縱許多無辜的機器人，只要他離開土地是無法生存下去，穆斯卡用槍打斷希達的長髮辮子，還告訴她拉普達是不會滅亡而且會不斷復活過來，而且它擁有的力量是實現人類長久以來想要的願望，巴魯正好趕上要求穆斯卡放走希達否則他立即摧毀飛行石，穆斯卡要求巴魯交出飛行石，但是巴魯請穆斯卡給他與希達三分鐘時間內交談，接著希達在暗中教會巴魯說出毀滅咒語，當他們同聲唸出「巴魯斯」的毀滅咒語時，拉普達開始崩潰並發出的強光弄瞎穆斯卡的雙眼，讓他從拉普達的底層中墜落海底身亡。巴魯和希達受到樹根的保護，他們駕駛滑翔機離開拉普達。離開拉普達的巴魯和希達與朵拉一族團聚，道別朵拉一族後的巴魯表示他會遵守諾言與希達開始過著新的生活。

故事的最後，逐漸崩毀的拉普達最終只留下一棵大樹以及樹上殘留的少許建築物。深埋在樹根裡的巨大飛行石讓它緩緩漂浮在空中。